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    chi-biotech 翻译组测序

      

      翻译组学主要研究mRNA,tRNA,microRNA,核糖体,新生肽链等物质的种类与丰度,动态与动力学性质,以及它们所担负的生物学功能。编码在DNA上的信息要经过转录和翻译,最终生成蛋白质,才能执行生物学功能。翻译控制在生物抗逆、病毒侵袭、肿瘤发生与发展等宏观过程都有着紧密的联系。此外,翻译组学的研究对生化工程、合成生物学等应用科学也具有直接的指导意义。翻译组学被国际人类蛋白质组计划(HPP)列为四大支柱之一。


    研究方法


      mRNA经过转录加工为成熟的mRNA后,还需要翻译为蛋白才能发挥其功能。翻译过程中会形成核糖体-新生肽链复合物(RNC,Ribosome Nascent-chain Complex),复合物中的mRNA即为能翻译成蛋白的mRNA。翻译组测序用超速离心的方法分离出RNC并进一步分离其中的mRNA进行测序,可得到正在翻译的mRNA信息。


    实验流程




    技术参数


    技术参数样本类型:组织或细胞。承启生物可提供RNC分离及mRNA提取??突Р杉?,需采用公司提供RNC-mRNA测序专用样本保存液。
    测序策略:HiSeq PE150,推荐数据量:3G clean data
    项目周期:35个工作日


    生物信息分析内容


    1、数据质控
    2、基因表达水平分析
    3、差异基因筛选
    4、GO/KEGG富集分析
    5、蛋白互作网络分析
    6、与转录组测序或蛋白质组数据联合分析
    7、可视化结果展示


    应用方向


    1、发现和鉴定新蛋白
    2、蛋白质差异表达分析
    3、非编码RNA(miRNA、LncRNA、cirRNA)作用机制研究




    已发表代表文章:


    [1] Chen Y, Li Y, Zhong J, Zhang J, Chen Z, Yang L, Cao X, He QY *, Zhang G *, Wang T *.Identification of missing proteins defined by chromosome-centric proteome project in the cytoplasmic detergent-insoluble proteins. Journal of Proteome Research (2015) 14(9):3693-709.

    [2] Yang L, Lian X, Zhang W, Guo J, Wang Q, Li Y, Chen Y, Yin X, Yang P, Lan F *, He QY *, Zhang G *, Wang T *.Finding Missing Proteins from the Epigenetically Manipulated Human Cell with Stringent Quality Criteria. Journal of Proteome Research (2015) 14(9):3645-57.

    [3] J Zhong, Y Cui, J Guo, Z Chen, L Yang, QY He, G Zhang *, T Wang *, Resolving Chromosome-Centric Human Proteome with Translating mRNA Analysis: A Strategic Demonstration. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 50-59.

    [4] C Zhang, N Li, et al., Systematic analysis of missing proteins provides clues to help define all of the protein-coding genes on human chromosome 1. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 114-125.

    [5] Y Liu, W Ying, et al, Chromosome-8-Coded Proteome of Chinese Chromosome Proteome Data Set (CCPD) 2.0 with Partial Immunohistochemical Verifications. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 126-136.

    [6] Q Wang, B Wen, et al., Omics Evidence: Single Nucleotide Variants Transmissions on Chromosome 20 in Liver Cancer Cell Lines. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 200-211.
    [7] C Chang, L Li, et al., Systematic analyses of the transcriptome, translatome, and proteome provide a global view and potential strategy for the C-HPP. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 38-49.

















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